Usciva in edicola di giovedì bisettimanalmente, anche se gli ultimi numeri li hanno fatti uscire ogni mese, il primo numero è uscito nel Maggio 2002. La rivista, di 30 pagine, è composta da un editoriale, news riguardanti l'informatica, articoli e spesso l'ultima pagina è dedicata ad un enigma crittografico oppure all'approfondimento di una notizia.
La rivista tratta argomenti sia per utenti "avanzati" che per principianti, dividendo gli articoli in tre livelli di difficoltà: per Newbie, Mid Hacking e Hard Hacking (stringhe di codice, sicurezza, modding o overclocking).
Inizialmente pubblicato da 4ever, è in seguito passato a Sprea editori e infine a WLF Publishing.
Dal numero 189 è passata ad una licenza Creative Commons.
Tra le caratteristiche peculiari della rivista va annoverata la presenza, all'apice della seconda pagina di ogni numero, al di sopra dell'editoriale, della definizione della parola Hacker: "Persona che si diverte ad esplorare i dettagli dei sistemi di programmazione e come espandere le loro capacità, a differenza di molti utenti, che preferiscono imparare solamente il minimo necessario."
A partire dal numero 195, anche a seguito di alcune problematiche sorte durante operazioni di aggiornamento al sito connesse a diversi attacchi ricevuti ed il conseguente allontanamento della vecchia community (che ha creato di conseguenza il forum non ufficiale), la rivista si ripropone ai propri lettori con una nuova veste grafica ed un insieme di funzionalità e servizi aggiuntivi che interessano sia il sito che la rivista stessa volti a migliorare l'interazione tra gli utenti e lo staff ed il coinvolgimento dell'intera comunità
In quest'ottica, tornano ad essere pertanto funzionali rubriche dedicate alle e-mail dei lettori, approfondimenti e ritorna ad essere possibile mettersi in contatto con la redazione per la segnalazione di articoli, guide, interviste e quant'altro attraverso il "Laboratorio dei lettori" il cui concetto è un po’ quello della comunità open source: un gruppo di sviluppatori che sono anche fruitori di un software a cui lavorano per migliorarlo di continuo. Contare quindi su un parco collaboratori pressoché infinito, ognuno in grado di dare il proprio contributo.
Il 29 aprile 2010 viene pubblicato il numero 200 della rivista. Con la prima parte di un corso di programmazione in linguaggio C.
Dal numero 202, Hacker Journal diventa mensile, a causa della crisi editoriale e per lo stesso motivo la rivista viene chiusa nel Giugno 2011, eliminando anche il sito (che conteneva tutti gli arretrati della rivista) e il forum (con migliaia di discussioni). Al momento, l'unica eredità di Hacker Journal, si trova nel sito non ufficiale (altresì noto come Unofficial HJ.
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